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    擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit

    簡要描述:產品名稱:擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
    產品貨號:R300722
    用于單細胞文庫構建的全基因組擴增解決方案

    • 產品型號:R300722
    • 廠商性質:代理商
    • 更新時間:2025-02-17
    • 訪  問  量:1238
    詳細介紹
    品牌TaKaRa供貨周期現貨
    應用領域醫療衛生,生物產業

    產品名稱:擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit
    產品貨號:R300722

     

     

    產品說明: 

    擴增試劑盒 PicoPLEX Single Cell WGA Kit可以從單細胞擴增DNA,獲得高度可重復的文庫。細胞裂解和預擴增后,進行低背景的PCR擴增,并在3小時內獲得微克級產物。
    除了延續之前PicoPLEX WGA Kit可進行高度可重復的拷貝數變異(CNV)分析外,該試劑盒通過使用高保真酶,盡可能減少擴增誤差,并能檢測單核苷酸變異(SNV)

     

     

    產品特點:

    • 單細胞基因組擴增, 產物用于芯片和PCR分析
    • 單細胞研究結果可高度重復(或 <15 pg DNA)
    • 可高度重復性地檢測基因組拷貝數變異(CNV)和非整倍性
    • 易于使用和高度自動化
    • 在所有分辨率下,結果清晰
    • 應用包括但不限于 PGS/PGD 和 CTC(circulating tumor cell) 分析 
     

     產品對比:

     

    表1 .使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3進行高質量單核苷酸變異(SNV)檢測
     
    以單細胞 (1cell) 和5個細胞 (5 cells) 的GM12878細胞系 (Coriell研究所) 起始 (一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒,以及bulk gDNA對照制備全基因組擴增產物,進行SNV檢測的比較。其中B公司試劑盒雖然制備了足夠的擴增產物,但只有5 cells樣本中一個包含足夠的擴增子進行測序,而其他樣本無可用數據進行測序。根據Genome In a Bottle (GIB) 和hg19 (human Genome assembly GRCh37, Ensembl) 數據庫的交叉分析,預計GM12879細胞系總共存在78個SNVs。由于擴增子的設計,2×75 bp的讀取長度很短,78個SNVs中的4個未能檢測到。因此,檢測的SNV總數減少到74個。使用VarDict軟件,以≥10reads (10X coverage) 和等位基因頻率≥20%為基準從BAM文件分析SNV。與其他兩個公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的call rates和更低的等位基因丟失率。
    (數據來源于Takara Bio USA, Inc.)
     
    圖2. 基于PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的CNV檢測
     
    以來自不同細胞系(GM22601、GM05067和GM12878)的單細胞起始,使用PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3擴增基因組。之后取1ng的擴增產物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在Illumina MiSeq(PE 75)進行測序。對Fastq文件去除接頭序列信息后,與human genome assembly GRCh37進行比對。只分析常染色體。對于這兩個panels,校準歸一化至100萬reads,使用bedtools 2.25.0計算每1 Mb的 bin的reads數。使用Integrative Genomics Viewer (IGV)繪制bin counts的log2 ratio (Sample/Reference)。PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3還顯示了可以高品質的進行染色體異倍性分析。
     
    圖3. PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3的全基因組覆蓋范圍的重現性高
     
    以GM12878的單細胞樣本起始(一式兩份),分別使用PicoPLEX WGA v3,A公司試劑盒和B公司試劑盒擴增基因組。之后取1ng的擴增產物,使用Illumina Nextera XT Kit制備文庫,并在MiSeq(PE 75)進行測序。然后與human genome assembly GRCh37進行比對,歸一化至1M reads (0.5M paired-end reads)后,使用bedtools 2.25.0計算每個1 Mb的bin的reads數。對這兩個單細胞文庫的每個窗口的total read進行繪制,計算Pearson和Spearman相關性并在每個圖中標明。
    Panel A. 包含異常值的樣本。*由于不同技術存在不同的偏差,沒有排除相關點,所以圖表的比例不同。
    Panel B. 排除異常值的樣本。與A公司和B公司試劑盒相比,PicoPLEX WGA v3具有更高的重現性和覆蓋度。
    (數據來源于Takara Bio USA, Inc.)
     

     

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