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    Takara真香推薦—簡(jiǎn)便好用的液態(tài)活檢解決方案之游離DNA篇

    更新時(shí)間:2020-10-12 點(diǎn)擊次數(shù):1312
     
     
    在腫瘤早期篩查研究領(lǐng)域,循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)一直是各大廠商、科研工作者關(guān)注的重點(diǎn)。雖然ctDNA的應(yīng)用日趨成熟,但總有一些微量的ctDNA樣本無(wú)法用傳統(tǒng)技術(shù)完成高品質(zhì)文庫(kù)的構(gòu)建,特別是在進(jìn)行腫瘤早期診斷有重要價(jià)值的稀有突變分析時(shí)。
    如何以微量ctDNA起始構(gòu)建可準(zhǔn)確分析稀有突變的文庫(kù)?Takara的解決方案是引入分子標(biāo)簽技術(shù)!
     
    微量ctDNA樣本無(wú)法準(zhǔn)確分析稀有變異? 自帶1600萬(wàn)分子標(biāo)簽的建庫(kù)技術(shù)了解一下
    ThruPLEX Tag-Seq Kit是Takara推出的采用莖環(huán)形接頭,含1600萬(wàn)種分子標(biāo)簽的DNA-Seq文庫(kù)構(gòu)建技術(shù),足以準(zhǔn)確區(qū)分是測(cè)序錯(cuò)誤還是真實(shí)的稀有突變!
     
    同時(shí),該產(chǎn)品支持1-50 ng cfDNA起始,微量樣本的文庫(kù)構(gòu)建不再是難題!
    ThruPLEX單管操作、手動(dòng)15 min、總共兩小時(shí),過(guò)程中無(wú)需轉(zhuǎn)管與純化,實(shí)驗(yàn)小白也能輕松上手!
     
     
    實(shí)驗(yàn)案例
     
    分別以10 ng及30 ng的cfDNA標(biāo)準(zhǔn)樣品(Horizon Diagnostics)起始,使用ThruPLEX Tag-seq kit制備文庫(kù),然后使用Agilent SureSelect靶向序列富集系統(tǒng)定制Panel(110 KB),或Roche的NimbleGen SeqCap EZ定制Panel(240 KB)進(jìn)行富集,使用illumina的NGS平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。得到的數(shù)據(jù)使用Curio(Curio Genomics)分析。
    使用Agilent (30 ng DNA input)或Roche(10 ng DNA input)兩者中的任意一個(gè)靶向富集系統(tǒng)時(shí),可以得到與已知的MAF(Minor Allele Frequency)同等的結(jié)果。
    (數(shù)據(jù)來(lái)源于Takara Bio USA, Inc.)
     
    加量不加價(jià),白送的知識(shí)點(diǎn)與講座,還不趕快Get?
     
    實(shí)驗(yàn)友好型的ctDNA稀有突變分析方案
    可能有些剛開(kāi)展ctDNA稀有變異分析項(xiàng)目的朋友會(huì)有所擔(dān)心,即便能簡(jiǎn)便快捷地構(gòu)建NGS文庫(kù),但后期如果沒(méi)有易用的生信分析流程,一樣會(huì)成為項(xiàng)目研發(fā)的阻礙。
    No Worries!以下三款生信分析工具,搭配ThruPLEX Tag-Seq使用,效果更佳!

    ConnorGitHub平臺(tái)上一款開(kāi)放型的生信工具,可以處理ThruPLEX Tag-Seq文庫(kù)的測(cè)序數(shù)據(jù)。Connor可以aligned BAM文件作為輸入量,分析分子標(biāo)簽信息,并生成含對(duì)應(yīng)序列的BAM文件,后續(xù)可結(jié)合突變分析軟件進(jìn)行分析,如FreeBayes等。
    CurioCurio Genomics公司所推出的基于“云”的生信平臺(tái),ThruPLEX Tag-Seq文庫(kù)的測(cè)序數(shù)據(jù)可以上傳、處理及可視化。該平臺(tái)運(yùn)行速度快,用戶界面友好,具有強(qiáng)大的Alignment Viewer。同時(shí),Curio整合了變異檢測(cè)、分析及可視化的模塊,方便用戶使用。
    Strand NGS由Strand Life Sciences推出的原生支持ThruPLEX Tag-Seq數(shù)據(jù)分析的生信平臺(tái),提供NGS數(shù)據(jù)的分析、管理及可視化。

     

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